Este utilitario puede correr en forma interactiva o "batch". Para comenzar puedes ver el archivo graph.gnu el cual grafica dos curvas provenientes de dos archivos de datos. Estos archivos son  datafileA y datafileB.

Siempre es conveniente correr gnuplot en forma interactiva y ejecutar el comando help. Las opciones siguientes son autoexplicativas.

Ahora si estas interesado en aprender más, te recomiendo ver la documentación en línea que viene en algunas instaciones de Linux. AQUI UNA LIGA A LA MISMA INFORMACIÓN.

(También hay varios archivos batch de ejemplo bajo /usr/doc/gnuplot/examples en los que se muestran otras capacidades de gnuplot, en versión 2008, ya no está en aragorn).