Para generar la documentacion para el proyecto es necesario:

1. En las propiedades del proyecto, ir a la pestaña "Build and Run" y en el cuadro que dice "Generate Javadoc" necesitamos ingresar la opción por defecto que se usará para generar la documentación, en este caso como se trata de un proyecto JAVA el comando será "javadoc" i gual qque para un proyecto ordinario.

2. Necesitamos, además, modificar el build.xml (archivo en el cual se definen flags y lo necesario para la compilación usando ant) de nuestro proyecto. Para el caso de Netbeans lo que haremos será editar el archivo ubicado en la raiz del proyecto y agregar lo siguiente:

<!--
De esta forma se inicia un comentario dentro de un archivo .xml
La primera linea que vemos corresponde a un flag que será usado posteriormente
Ahora se termina la linea de comentarios:
-->

<property name="doc.dir" value="doc"/>

<!--
Ahora podemos ver que definimos el target "javadoc", o sea, lo que se hará cuando se use
el comando de nombre "javadoc"
-->
<target name="javadoc">
        <delete dir="${doc.dir}"/>
        <mkdir dir="${doc.dir}"/>
        <javadoc destdir="${doc.dir}"
	         author="true"
		 sourcepath="src" 
		 packagenames="org.sunspotworld.demo"
		 windowtitle="Sun SPOT Sword -- Lado Anfitrión"
		 doctitle="Sun SPOT Sword -- Lado Anfitrión" >
	    <classpath path="${sunspot.lib}/multihoplib_rt.jar:${sunspot.lib}/spotlib_host.jar:${sunspot.lib}/spotlib_common.jar:${sunspot.lib}/squawk_rt.jar:${sunspot.lib}/RXTXcomm.jar" />
        </javadoc>
    </target>

Ahora estamos en condiciones de decirle a Netbeans que genere la documentación, según lo definido arriba la carpeta contenedora de la documentación se llamará "doc" puede cambiarse el nombre a gusto. Al igual que la ubicación de las fuentes (.java).
Finalmente, un aspecto importante, es la definición del classpath que es donde debemos poner la dirección de todas las biblioteas usadas, si no están, no se podrá generar una buena documentación y tendremos errores en la generación. A continuación se muestra la diferencia de las bibliotecas importadas para el caso de la aplicación anfitriona (host) y la aplicacion cliente:

Host:
<classpath path="${sunspot.lib}/multihoplib_rt.jar:${sunspot.lib}/spotlib_host.jar:${sunspot.lib}/spotlib_common.jar:${sunspot.lib}/squawk_rt.jar:${sunspot.lib}/RXTXcomm.jar" />

Client:
<classpath path="${sunspot.lib}/transducerlib_rt.jar:${sunspot.lib}/multihoplib_rt.jar:${sunspot.lib}/spotlib_device.jar:${sunspot.lib}/spotlib_common.jar:${sunspot.lib}/squawk_rt.jar" />

3. Para generar la documentacion con Netbeans vamos al menú: Build->Generate Javadoc for "project_name". Así comienza la generación de la documentación y una vez finalizada vamos a la carpeta del proyecto y revisamos que se haya creado la carpeta "doc" (en este caso) y confirmamos que todo esté como normalmente se genera una documentación.