El programa como ya se sabe esta programado en lenguaje Java , por el hecho de ser una Interfaz Grafica para  un programa aparte, se utlizaron las herramientas disponibles de Java para la creacion y control de procesos:

En este programa la llamada al programa externo se  ejecuto con las ayuda de las Clases Runtime y Process.

La clase Runtime dispone del método exec, el cual crea un proceso nativo y retorna una instancia de una subclase de Process. 

Esta puede ser usada para controlar el proceso y obtener información sobre éste. Como fue el caso de nuestro programa, donde se imprime un archivo readme.txt donde se presenta el informe de la ejecucion del programa externo.

Para esto se utilizo de la clase Process  métodos para hacer lecturas desde la salida estándar del proceso (getInputStream), escrituras hacia el proceso (entrada estándar el proceso) y esperar por el término del proceso (waitFor).

Puede encontrar mas informacion  en el manual