Aquí se presenta cómo usar CertBot con Let's Encrypt

Es algo bastante simple, como ya está instalado sólo hace falta escribir en la terminal

$ certbot --apache -d midominio.com -d www.midominio.com

Finalmente debes ingresar tu correo, aceptar el acuerdo (A), seleccionar la opción donde aparece tu dominio, por lo general la opción (3) y finalmente la opción de hacer todas las conexiones seguras (2).